يتم انتخابه مباشرة من الجمعية العامة، ويتكون من تسعة أعضاء، ويقوم بدوره بانتخاب الرئيس ونائب الرئيس والأمين العام وكافة رؤساء اللجان التخصصية والعلمية، ومن أهم مهامه:
- تسيير نشاطات الهيئة العلمية والدعوية والفكرية والثقافية وغيرها.
- إعداد خطط العمل، والإشراف على تنفيذها.
- متابعة تنفيذ قرارات الجمعية العامة.
- تشكيل اللجان التي تقتضيها حاجة العمل في الهيئة.
- قبول الأعضاء الجدد في الجمعية العامة.
- العمل على افتتاح فروع للهيئة، ومتابعة عملها.
- اختيار أعضاء المجلس الاستشاري من بين أعضاء الهيئة ومن علماء الأمة.