يتم انتخابه مباشرة من الجمعية العامة، ويتكون من تسعة أعضاء، ويقوم بدوره بانتخاب الرئيس ونائب الرئيس والأمين العام وكافة رؤساء اللجان التخصصية والعلمية، ومن أهم مهامه:

1. تسيير نشاطات الهيئة العلمية والدعوية والفكرية والثقافية وغيرها.
2. إعداد خطط العمل، والإشراف على تنفيذها.
3. متابعة تنفيذ قرارات الجمعية العامة.
4. تشكيل اللجان التي تقتضيها حاجة العمل في الهيئة.
5. قبول الأعضاء الجدد في الجمعية العامة.
6. العمل على افتتاح فروع للهيئة، ومتابعة عملها.
7. اختيار أعضاء المجلس الاستشاري من بين أعضاء الهيئة ومن علماء الأمة.